自2002年X檔案的六年后前聯(lián)邦探員丹娜·斯科莉（吉蓮·安德森 Gillian Anderson 飾）調(diào)任某教會(huì)醫(yī)院擔(dān)任醫(yī)師福克斯·穆德（大衛(wèi)·杜楚尼 David Duchovny 飾）則過著隱居的生活繼續(xù)著對(duì)超自然現(xiàn)象的關(guān)注某天FBI探員前來請(qǐng)求他們的幫助原來一段時(shí)間內(nèi)維吉尼亞州接連有數(shù)名女子神秘失蹤其中甚至包括一名聯(lián)邦探員由于神父約瑟夫（Billy Connolly 飾）聲稱看到了犯罪畫面因此FBI希望對(duì)超自然案件有著豐富經(jīng)驗(yàn)的穆德和斯科莉協(xié)助調(diào)查然而隨著調(diào)查的深入穆德和斯科莉卻發(fā)現(xiàn)案件的黑暗遠(yuǎn)遠(yuǎn)超出他們的想象這對(duì)合作多年的搭檔面臨著巨大的考驗(yàn)…… 　　本片為同名美劇的第二部劇場(chǎng)版